综合工时制工作的企业超出标准工时的补充

问题：

我在一家企业工作快三年了，因为公司实行的是以年为周期的综合工时制。是每星期工作六天，休息一天。超出标准工时制的时间，公司答应会按照劳动法规定给予调休或补偿，我们员工是同意的。工作一年以后我们员工算了一下，已经超出标准工时制很多时间，而且公司也没有给予调休。我们就向公司提出对具体超出的时间要求给予补偿，但是公司以种种的理由迟迟不给予答复。公司还通过律师的帮助，针对这个问题公司对员工的工资结构作了调整，从工资中划出了一部分说是做为周六上班加班补贴。采取控制周六上班，对于公司这种变相降工资行为，我接受不了就提出了辞职。辞职后我向公司要求把超出标准工时制的时间补偿给我，公司领导说现在还不能答复我，结算也要和公司在职员工统一结算。具体要等到新的工资结构调整后的情况才能给予答复，如果实行的正常，就说以前公司工作时间安排的不合理，周六不应该来，按照现在实行的工资结构调整情况和以前对比，超出的时间已经付过工资。请问公司这种做法合法吗？超出的工作时间是否可以要求补偿，补偿的方法有哪些？是按照加班进行补偿吗？我咨询的问题请您们尽快给我答复。谢谢！还有一个问题是加班费的结算，是不是可以按基本工资，就是当地最低保障工资的1、5倍计算。如果这样的话加班还没有我正常上班的小时工资高，因为我的工资分为基本工资和岗位工资的。谢谢！

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